Прошло три десятилетия с момента последней глобальной войны, когда ядерный удар стер с лица земли прежнюю столицу Японии. На её пепелище вырос Нью-Токио — город, сияющий неоном и сталью. Но за фасадом порядка скрывается иная реальность: государственный аппарат, с каждым годом всё больше напоминающий машину подавления, беспощадно давит любое инакомыслие.
В секретных лабораториях, вдали от глаз общественности, идут иные войны. Учёные, подчиняясь приказам, ставят эксперименты над человеческой психикой, пытаясь выковать из разума новое оружие. Во главе этой программы стоит полковник Сикисима — человек, чья одержимость биологическими исследованиями постепенно сталкивает его с официальными властями.
А на улицах, в подпольных кружках, зреет иная сила. Расползаются слухи о культе, поклоняющемся существу по имени Акира. Его последователи верят, что только его явление способно вывести страну из тупика, разрешив все накопленные противоречия. Эта вера становится тихим, но упорным вызовом для нового порядка.